Для WooCommerce есть большое количество готовых модулей от платежных систем, которые добавляют новые способы оплаты заказов.
Вы можете выбрать модуль Яндекс.Кассы, CloudPayments, UnitPay или любой другой.
Во всех популярных платежных системах и агрегаторах есть готовые модули для WooCommerce и подробные инструкции по установке и настройке.